De KOC-scholen hebben ieder een medezeggenschapsraad (MR) en er is een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). In de MR praten gekozen vertegenwoordigers van ouders en teamleden met de directeur, die het bevoegd gezag vertegenwoordigt. In de GMR praat een afvaardiging van MR-leden van de scholen met het bestuur. Het bestuur legt voorgenomen besluiten voor aan de GMR, voor advies of instemming, afhankelijk van het onderwerp. Er is een GMR-reglement volgens een landelijk model waarin de werkwijze precies beschreven is. Ouders en medewerkers hebben zodoende inspraak in het beleid van de scholen en van de stichting. Omdat KOC een kleine, transparante stichting is zijn de lijnen kort en de verhoudingen informeel.
Namens Bisschop Bekkers hebben Bram Schultinge (oudergeleding) en Lars Liebe (personeelsgeleding) zitting in de GMR.